El programa de investigación del Departamento de Horticultura tiene como meta principal resolver los problemas que limitan la producción eficiente de productos hortícolas en Puerto Rico. Hay más de 30 proyectos activos en áreas tan diversas como manejo de conservación de germoplasma, propagación y fisiología, producción y manejo de cultivos en el campo y el invernadero, calidad y manejo poscosecha de productos hortícolas, y fitomejoramiento y biotecnología.

Algunos de los proyectos integran estudiantes subgraduados y graduados en la investigación, y hay proyectos colaborativos con otras instituciones al nivel nacional e internacional. El departamento cuenta con facilidades de campo, invernaderos y laboratorios, y tiene personal docente localizado en distintos ambientes agroecológicos a través de la Isla.